En 1994, Bill et Melinda ont créé la Fondation William H. Gates, dont la mission est de soutenir l’éducation, la santé mondiale et l’investissement dans les communautés à faibles revenus du monde entier. L’organisation s’attaque également à des problèmes nationaux, comme aider les étudiants américains à se préparer à l’université.
Sous l’influence de Melinda, Bill s’est intéressé à devenir un leader civique sur les traces de sa mère, en étudiant le travail philanthropique des titans industriels américains Andrew Carnegie et John D. Rockefeller. Il s’est rendu compte qu’il avait l’obligation de donner une plus grande partie de sa fortune à des œuvres de charité.
En 2000, le couple a réuni plusieurs fondations familiales et a fait une contribution de 28 milliards de dollars pour former la Fondation Bill & Melinda Gates. Au cours des années suivantes, la participation de Bill à la Fondation Bill & Melinda Gates a occupé une grande partie de son temps et encore plus de son intérêt.
Depuis qu’il s’est retiré de Microsoft, Bill Gates consacre une grande partie de son temps et de son énergie au travail de la Fondation Bill & Melinda Gates. En 2015, Gates s’est prononcé en faveur des normes nationales Common Core de la maternelle à la terminale et des écoles à charte. Gates s’est également révélé être un employeur novateur lorsque, à peu près à la même époque, la fondation a annoncé qu’elle accorderait à ses employés un an de congé payé après la naissance ou l’adoption d’un enfant.
En 2017, la fondation a lancé le premier de ce qui allait devenir son rapport annuel « Goalkeepers », un examen des progrès réalisés dans plusieurs domaines importants liés à la santé publique, notamment la mortalité infantile, la malnutrition et le VIH. À l’époque, Gates a identifié les maladies infectieuses et les maladies chroniques comme les deux plus grandes préoccupations de santé publique auxquelles il faudra répondre au cours de la prochaine décennie.
En avril 2018, Gates a annoncé qu’il s’associait à Larry Page, cofondateur de Google, pour financer à hauteur de 12 millions de dollars un vaccin universel contre la grippe. Il a déclaré que les fonds seraient accordés sous forme de subventions allant jusqu’à 2 millions de dollars pour des efforts individuels « audacieux et innovants », visant à commencer les essais cliniques d’ici 2021. Bien que certains se demandent si 12 millions de dollars suffiront à déclencher une véritable percée médicale, d’autres ont salué les intentions qui sous-tendent cet investissement, tandis que M. Gates a indiqué que d’autres projets pourraient voir le jour.